马休回来后主掌并州军事，马超把麾下一万西凉兵和曹性的三千后裔营以及两千神威营都交给他统领，晋阳城有这一万五千兵马镇守稳如泰山。
三个月内天下也发生了不少大事，中平五年（188年）五月，刘宏苦心积虑组建的西园军终于准备就绪。西园军不仅有新招募的壮丁，还有左右羽林军改编而来，共有五万人马。西园八校尉为上军校尉宦官蹇硕、中军校尉袁绍、下军校尉鲍鸿、典军校尉曹操、助军左校尉赵融、助军右校尉冯芳、左校尉夏牟、右校尉淳于琼。连何进也要听蹇硕指挥，上军校尉蹇硕在名义上成为全国军队的最高统帅。
六月，冀州刺史王芬密谋废帝未成，畏罪自杀，余者四散逃命。何进趁机举荐府椽韩馥为冀州刺史，刘宏未应，派左将军皇甫嵩前往荆州剿灭余党，暂行冀州刺史之职。
七月，汝南郡葛陂和颍川黄巾余孽再起，汝南郡失守，颍川大乱，同时青州、徐州黄巾军又起，攻略郡县，打劫官府，声势浩大。黑山贼张燕，于毒等人趁机出兵攻打冀州，郡县沦落，兵势直压邺城。
朝廷派遣下军校尉鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾，派西凉名将盖勋讨伐颍川黄巾，表扬武校尉陶谦出任徐州刺史，组织郡兵灭贼。皇甫嵩带领冀州郡兵虽打退黑山军保住了邺城，但后继无力难以收复沦落的郡县。冀州多地百姓被掠，又值七月青黄不接，卖儿卖女，流亡乞讨者无数，大批大批的流民穿过太行山来到相对安定的并州避难。
八月，朝廷下诏表马超为骠骑将军，领并州牧，即刻起兵剿灭张燕等黑山贼，并收服冀州失地。
马超三个多月来一直忙于内政，将军事交由马休管理，此举也是在刻意培养马休。为了防止有人叛乱，马超将三个兄弟马岱，马铁和马休三人分别放在三处，且人人手里掌握重兵，即便有人起了异心也不敢轻易背叛于他。
另外，在强压政策下，王祁和王允生怕马超拿他们太原王家杀鸡敬候，终于同意让王晨和王凌出仕担任州牧府书佐和主薄。马超大喜，在两人上任不久就向王家提出借粮一百万斛，同时责令王家两万精壮家奴在农闲时也要出力修建水渠和城墙。王祁哪敢不答应，再说这事儿不仅是他王家一家，凡是蓄养家奴的世家都被强借了粮食，家奴同样要免费出力。他王家势力再大也不过是当地土豪，怎斗得过手握十几万雄兵的马超。
马超自上次初见任红以后就再没造访过王家邬堡，自然也没见到小萝莉任红。王允几次邀请未果，便知马超非好色之辈，和兄长王祁一商量，决定携带部分家财贿赂大将军何进，只要何进能诛尽宦官他便有机会出仕。但此事非一朝一夕之功，为能及时了解朝中动向，王允携带家小在河内郡买了一处房宅暂且住下观望。
而王双领三千神威营在河东郡停足足留了两个月时间，和于扶罗余孽多次小规模交战。于扶罗如无根之萍，老巢又被典韦端了，只能靠掠夺当地百姓维持战事，几次惨败之后只剩下千余人。想返回太行山投奔张燕又怕马超在并州起兵拦截，关键时刻竟与投降董卓的前盟友杨凤取得了联系，最后被逼无奈引一千残兵渡河投奔董卓去了。
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